Kordon kanı, bebek doğduktan sonra kesilen göbek bağının plasenta tarafında kalan bölümünden alınır. Bebek doğduktan hemen sonra göbek kordonu bağlanır, bebek alınır ve plasentaya bağlı olan kordonun içindeki kan özel bir sistem yardımıyla pıhtılaşmayı önleyici madde içeren steril kan torbası içine toplanır. Yaklaşık 60 - 120 mililitre kan alınabilir. Toplanan kan 48 saat içinde kordon kanı bankası laboratuvarına gönderilir.

Kordon kanının toplanması normal doğum sürecini ve bebeği herhangi bir şekilde olumsuz etkilemez. Genelde toplama işlemi doğum esnasında doğumu yaptıran hekim tarafından yapılır.